کتاب جامع الاسرار و منبع الانوار به درخواست جمعی از برادران دینی و علمی سید حیدرآملی برای کتاب جامع و برای رفع نزاع میان شیعه و صوفیه نوشته شده است.
مهم ترین منبع استناد سید حیدر، ابن عربی است ولی بسیار به آیات و روایات حتی کتب اهل سنت استناد می کند. از ویژگی های این کتاب بیان مثال برای ساده کردن حقایق است و‌حتی مدعی است برخی مثال ها را جز من نگفته است. گاهی هم داستان های عرفانی گفته می شود مانند داستان ماهیانی که نزد بزرگ خود دریای وجود طلب کردند غافل از اینکه دریا همان آب است که در آن بودند.
سید حیدر آملی در مقدمه ابتدا مفصلا از ضرورت حفظ اسرار از نااهلان می گوید و بعد بر اساس روایت امرنا صعب مستصعب مؤمن را به ممتحن و غیر ممتحن تقسیم می کند. عوام شیعه را مؤمن غیرممتحن و صوفی حقیقی که متخلق به اخلاق الهی می داند را مؤمن ممتحن می نامد که حامل اسرار است و این دو نباید یکدیگر را مذمت کنند.
قاعده اول در فضیلت توحید است و قاعده دوم در تعریف توحید است.
قاعده سوم در تقسیم توحید است و علی رغم نقل انواع نظرات درباره تقسیمات توحید، همه را به دو نوع الوهی و وجودی برمی گرداند که در مقابل شرک جلی و خفی قرار دارد و یکی رسالت انبیاء و دیگری رسالت اولیاء است.
در قاعده چهارم برای بیان کیفیت توحید ابتدا توحید ذاتی را شهود وجود حقیقی و کنار زدن غیر وجود می‌داند. توحید صفاتی را نفی صفات زائد بر ذات می داند و هر صفتی که انسان بر حق تعالی اطلاق می کند در نفس خود یافته و کسی به خدا معرفت ندارد.
در باب توحید افعالی می گویداشاعره که می گویند «هیچ فاعلی جز او‌نیست» هنوز از مشاهده غیر خلاصی نیافته ولی قائلان توحید حقیقی هر فعلی را به محل خاص خود نسبت می دهند. شیطان با گفتن «اغویتنی» از قبیل کسانی بود که میان فعل خدا و دیگران فرقی نمی گذارند. در ادامه به شرح احادیث ناب توحیدی در نهج البلاغه و غیر آن می پردازد.
در ادامه این اصل، شبهات وارد بر توحید وجودی بررسی می شود مانند مسئله انحرافات الحاد و اتحاد و حلول و فرق و جمع و تشبیه و تعطیل و مسئله امامت و عصمت و آرای متقدمین و متأخرین در این مورد.
اصل دوم‌کتاب «در بیان شریعت و طریقت و حقیقت» و بیان این است که هر سه مراتب یک امر واحد هستند و مرتبه جمع بین معاش و‌معاد اختصاص به اهل حقیقت دارد. در اینجا سید حیدر برخلاف‌دیدگاه عارفان سیر ابراهیمی را از روی انکار و استهزاء می داند.
قاعده دوم این اصل «در بیان اسرار نبوت و رسالت و‌ولایت» است که به دیدگاه ابن عربی و قیصری در موضوع خاتم الاولیاء می پردازد و تعصب مذهبی سنی ها در بیان مصداق خاتم الاولیاء را نقد می کند و نظر مخالف آنها از عارفانی مانند‌جنید و بایزید و معروف کرخی نقل می نماید.
در قاعده سوم «وحی و الهام و کشف» را توضیح می دهد و بعد فرق میان علوم کسبی و علوم ارثی را توضیح می دهد و بعد تلاش می کند تا کیفیت تحصیل علوم رسمی(کسبی) و علوم حقیقی (ارثی) را توضیح می دهد و اینجاست که مثال زیبای غزالی در مقایسه نقاشان چینی و نقاشان رومی را می زند. نقاشان رومی برخلاف نقاشان ماهر چینی به جای رنگ آمیزی دیوار، قدرت خود را با صیقل دادن دیوار نشان دادند و آن را به آینه تبدیل کردند...
قاعده پایانی با بیان مراتب اسلام و ایمان و ایقان است و در پایان هم کتاب با وصایای سید حیدر ختم می شود.
آخرین جملات کتاب تکرار اشعار ابن عربی درباره دین حب است که در مقدمه کتاب هم بیان کرده بود.
